Après sa "reprogrammation", Joe revient en ville, mais souffre visiblement d'amnésie. Quand on le touche ou l'effleure, il est sujet à des accès de violence. Au centre de surveillance du "Programme", l'attitude de Joe pose problème à Liam Ulrich, l'un des responsables. Mark Renbe est finalement arrêté par la police, accusé d'être à l'origine de deux meurtres et d'un enlèvement. Le père Luis parvient à le faire sortir de prison puis du pays en le cachant, ainsi que Kat, dans un cercueil. Bientôt, des hommes armés les poursuivent. Mark et Kat tentent de quitter de trouver encore plus de réponses à leurs questions, tout en essayant de rester en vie...