美树沙耶香与丘比签订契约,成为魔法少女中的一员。善良的沙耶香自始至终贯彻着为他人而战的信念,可是在毫无规则和人性的战斗中,她渐渐迷失自我,最终走向了灭亡。弥漫着忧愁宿命感伤氛围的雨中,沙耶香的葬礼静悄悄地举行。经历了大起大落看尽世间空虚落寞的鹿目圆独自返回家中,沉浸在对好友的思念之中。而丘比关于沙耶香之死毫无情感的陈述令她身为恼怒。她无论如何也不能理解丘比诉说的孵化者和人类共度的漫长历史。不久后,小圆以充满决心的视线,注视着魔女之夜。她告诉身负重伤的焰,“我找到想实现的愿望了。”得知魔法少女命运的她,将会许愿何种愿望,做出何种决定?